In einem gesunden Ökosystem sind zahlreiche unterschiedliche Mikroorganismen, die sog. Mikroflora sowie Phytoplankton vorhanden. Diese werden durch die Zugabe von EM gestärkt. Denn EM produziert in der ersten Phase nach der Einbringung in den anaeroben Bereich notwendige Nährstoffe und Sauerstoff. Beides wird von anderen aeroben Mikroben benötigt, die bisher keine Lebensgrundlage
hatten.

Hierdurch entstehen zusätzliche Nährstoffe, die man eigentlich aufgrund der bereits hohen Phosphatbelastung vermeiden möchte. Es entsteht eine kurzzeitige zusätzliche Eutrophierung des Gewässers, die aber nicht von langer Dauer ist und zudem auch nicht aus reinem Phosphat besteht. Erkennbar ist diese anhand einer Wassertrübung, die sich aber in der zweiten Phase, der Sanierung auflöst. Der Unterschied zu der bisherigen Eutrophierung besteht vor allen Dingen in der Vielfalt der vorhandenen Mikroorganismen und der Nährstoffe. Verantwortlich hierfür ist die EM-Technologie.